Struktur organisasi Yayasan Waqaf Al Muhajirrien (YWAM) dibentuk untuk menciptakan tata kelola yang efektif dan terarah. Pimpinan yayasan memimpin seluruh bidang seperti pendidikan, keuangan, pemasaran, dan sumber daya manusia agar berjalan selaras dengan visi dan misi lembaga. Setiap tingkatan, mulai dari direktur, manajer, staf, hingga tim magang, memiliki peran yang saling mendukung dalam menjalankan program pendidikan dan sosial berbasis nilai keislaman. Dengan struktur yang jelas, YWAM mampu menjaga profesionalisme dan meningkatkan kualitas layanan kepada masyarakat.